Параметризация молекул для молдинамики

★ 7.5 · general

antechamber — это скилл для Claude Code, который запускает AmberTools antechamber для параметризации силовых полей малых молекул. Назначает атомные типы GAFF/GAFF2, вычисляет заряды AM1-BCC или RESP, проверяет недостающие параметры через parmchk2 и собирает топологию (prmtop/inpcrd) через tleap. Скилл покрывает два сценария: быструю параметризацию с зарядами AM1-BCC и высокоточную с зарядами RESP из расчётов Gaussian (ESP с pop=mk iop(6/33=2)); дополнительно поддерживает сольватацию молекулы в явном растворителе TIP3P. Требует установленного AmberTools (conda-forge) с доступными в PATH утилитами antechamber, parmchk2 и tleap. Нужен при подготовке лиганда к классическому молекулярно-динамическому моделированию в AMBER или LAMMPS.