Анализ bulk RNA-seq от FASTQ до генных путей

★ 7.0 · research

bulk-rnaseq — это скилл для Claude Code, который оркестрирует полный анализ bulk RNA-seq данных: от сырых FASTQ-ридов до дифференциально экспрессированных генов и обогащённых биологических путей. Пайплайн включает контроль качества (FastQC, MultiQC, fastp, Trim Galore), выравнивание и квантификацию (STAR, Salmon, featureCounts), сборку матрицы счётчиков на уровне генов через pytximport и bridge-скрипт build_counts_matrix.py, затем передаёт управление скиллам pydeseq2, pathway-enrichment и scientific-visualization. Скилл маршрутизирует между двумя путями: nf-core/rnaseq (Nextflow, рекомендуется для воспроизводимости) и автономным STAR/Salmon-режимом — и охватывает экспериментальный дизайн, стрендовость и QC-проверки. Подходит для задач типа «FASTQ to DESeq2», «запустить nf-core/rnaseq» или «построить counts matrix для дифференциального анализа»; для одноклеточных данных используйте скилл scanpy.