CZ CELLxGENE Census — анализ single-cell транскриптомики

★ 7.0 · research

cellxgene-census — это скилл для Claude Code, который обеспечивает программный доступ к CZ CELLxGENE Census для запросов версионированных публичных данных single-cell и spatial транскриптомики. Стабильный релиз LTS 2025-11-08 содержит более 217 млн клеток, 1 845 датасетов и охватывает человека, мышь, мармозетку, резус-макака и шимпанзе. Скилл реализует восемь ключевых паттернов работы: открытие Census с фиксацией версии, исследование метаданных, выборку экспрессии генов в AnnData, out-of-core обработку крупных срезов, обучение моделей через TileDB-SOMA-ML, доступ к spatial-данным, интеграцию с Scanpy и объединение нескольких датасетов. Подходит для популяционного анализа типов клеток, тканей и заболеваний, сравнения с референсными атласами и подготовки данных для машинного обучения на single-cell данных. Требует Python ≥3.10,<3.13; аутентификация для публичных данных Census не нужна.