COBRApy — метаболическое моделирование и FBA-анализ

★ 7.0 · data

cobrapy — это скилл для Claude Code, который выполняет constraint-based метаболическое моделирование с помощью библиотеки COBRApy (cobra 0.31.1) для анализа геном-масштабных метаболических моделей. Поддерживает FBA, парсимониозный pFBA, геометрический FBA, FVA и нокауты генов и реакций — как одиночные, так и двойные с многопроцессорностью. Модели загружаются из встроенных источников (e_coli_core, iJO1366, salmonella), удалённых репозиториев BiGG и BioModels, а также из файлов форматов SBML, JSON и YAML. Решатель по умолчанию — GLPK через swiglpk; опционально доступны CPLEX, Gurobi и гибридный решатель HIGHS/OSQP для крупных MILP. Скилл подходит для задач системной биологии и метаболической инженерии: симуляции клеточного метаболизма, анализа производственных огибающих и валидации консистентности моделей.