deepTools — анализ NGS-данных для биоинформатики

★ 7.0 · data

deeptools — это скилл для Claude Code, который предоставляет инструментарий deepTools для анализа NGS-данных: конвертирование BAM в bigWig, контроль качества (корреляция, PCA, fingerprint), построение тепловых карт и профилей сигнала вокруг геномных элементов для ChIP-seq, RNA-seq и ATAC-seq. Скилл включает скрипты валидации входных файлов, генератор шаблонов рабочих процессов, справочник по нормализации (RPGC, CPM, RPKM, BPM) и таблицы эффективных размеров геномов для человека, мыши, дрозофилы и других организмов. Для воспроизводимой установки используется uv с фиксированной версией deepTools 3.5.6, для HPC-сред рекомендован conda/bioconda. Подходит биоинформатикам, которым нужно сравнивать реплики, строить профили обогащения вокруг TSS или пиков и готовить треки для геномных браузеров.