ETE Toolkit — анализ филогенетических деревьев

★ 7.0 · data

etetoolkit — это скилл для Claude Code, который позволяет анализировать, преобразовывать, сравнивать, аннотировать и визуализировать филогенетические и иерархические деревья с помощью ETE 4.4.0. Скилл поддерживает чтение и запись форматов Newick/Nexus, редактирование топологии, сравнение деревьев методом Robinson-Foulds, поиск повторяющихся подтопологий через TreePattern, анализ генных деревьев с определением дупликаций и спецификаций через PhyloTree, а также работу с таксономическими базами NCBI и GTDB. Визуализация доступна через SmartView (PNG) или Qt-рендерер (PNG/PDF/SVG). Инструмент ориентирован на филогеномные исследования: сравнительную геномику, анализ ортологии и паралогии, работу с большими готовыми деревьями — но не заменяет инструменты выравнивания последовательностей и построения деревьев вроде MAFFT или IQ-TREE.