Запуск биоинформатических пайплайнов nf-core

★ 7.3 · content

nextflow-development — это скилл для Claude Code, который запускает nf-core-пайплайны (rnaseq 3.22.2, sarek 3.7.1, atacseq 2.1.2) на локальных или публичных данных секвенирования с GEO/SRA. Скилл проводит семь последовательных шагов: загрузку данных по GSE/GSM/SRR-аккессиям через sra_geo_fetch.py, проверку окружения (Docker, Nextflow ≥ 23.04, Java ≥ 11), прогон тестового профиля, создание и валидацию samplesheet, выбор референсного генома и финальный запуск с флагом -resume. Покрывает дифференциальную экспрессию, вариантный коллинг и анализ хроматиновой доступности. Ориентирован на биологов и исследователей без специализированной биоинформатической подготовки, которым нужно обработать RNA-seq, WGS/WES или ATAC-seq данные без погружения в настройку пайплайнов вручную.