Packmol — упаковка молекул для MD-симуляций

★ 7.5 · general

packmol — это скилл для Claude Code, который генерирует начальные конфигурации молекул для MD-симуляций через Packmol: упаковывает молекулы в заданную область пространства для создания жидких боксов, бинарных смесей, сольватированных систем и межфазных слоёв. Принимает входные файлы в форматах PDB и XYZ; поддерживает прямоугольные и сферические ограничения, зоны исключения и фиксацию молекул с заданными координатами и углами. Скилл формирует готовый Packmol-инпут с нужными параметрами (tolerance, number, inside box/sphere, outside sphere, fixed) и запускает packmol через shell-задачу. Рассчитан на подготовку стартовых структур перед запуском LAMMPS ReaxFF или классического MD — там, где нужна заданная плотность и корректное молекулярное окружение без перекрытий атомов.