scvi-tools — анализ одноклеточных данных

★ 7.3 · content

scvi-tools — это скилл для Claude Code, который обеспечивает глубокое обучение в анализе одноклеточных данных с использованием фреймворка scvi-tools. Поддерживает полный спектр задач: интеграцию и коррекцию батч-эффектов (scVI/scANVI), анализ доступности хроматина (PeakVI), мультимодальный анализ CITE-seq (totalVI), совместный анализ RNA+ATAC (MultiVI), пространственную транскриптомику (DestVI), перенос меток и маппинг запрос–референс (scANVI/scArches), а также динамику транскрипции через RNA velocity (veloVI). В составе скилла — 12 справочных файлов, набор CLI-скриптов (prepare_data.py, train_model.py, cluster_embed.py, transfer_labels.py и другие) и библиотека Python-утилит model_utils.py для сборки собственных пайплайнов. Скилл подойдёт биоинформатикам, работающим с вариационными автоэнкодерами, мультиомными данными или латентными представлениями одноклеточных геномов.