Контроль качества данных single-cell RNA-seq

★ 7.3 · content

single-cell-rna-qc — это скилл для Claude Code, который автоматизирует контроль качества данных single-cell RNA-seq из файлов .h5ad и .h5 по стандартам scverse, применяя MAD-фильтрацию выбросов и генерируя комплексные визуализации. Полный пайплайн запускается одной командой через `scripts/qc_analysis.py` и сохраняет пять артефактов: три PNG с метриками до и после фильтрации, отфильтрованный датасет и исходные данные с QC-аннотациями. Для нестандартных сценариев доступны модульные функции из `qc_core.py` и `qc_plotting.py` — можно пропускать шаги, применять разные пороги к подмножествам клеток или встраивать QC в более широкий пайплайн. Скилл рассчитан на биоинформатиков, которым нужно отфильтровать низкокачественные клетки и подготовить данные к downstream-анализу с помощью scanpy.