Arboreto — инференция генных регуляторных сетей

★ 7.0 · data

arboreto — это скилл для Claude Code, который выполняет инференцию генных регуляторных сетей (GRN) из данных экспрессии генов с использованием масштабируемых алгоритмов GRNBoost2 и GENIE3. Скилл построен на Python-библиотеке Arboreto от Aerts Lab: она распараллеливает ансамблевую регрессию на основе деревьев через Dask — от локальных ядер до удалённых кластеров. Основная задача — определить, какие транскрипционные факторы регулируют какие целевые гены, по паттернам экспрессии в клетках или образцах; поддерживаются bulk RNA-seq и single-cell RNA-seq. Результат — таблица связей TF → target с оценкой importance, готовая к фильтрации и подаче в downstream-инструменты, например pySCENIC. Подходит биоинформатикам, которым нужно восстановить регуляторную архитектуру транскриптома на больших датасетах.